A la hora de justificar es importante que tener en cuenta lo siguiente:

Planificar la justificación desde el momento en que se tiene conocimiento de la concesión de la subvención, de esta forma y teniendo en cuenta las bases de la convocatoria y las instrucciones asociadas (si las hay) en la implementación del proyecto se consideren aspectos como: que gastos son elegibles (financiables), cómo deben ser estos gastos, cuál es el periodo de elegibilidad de los gastos y los pagos, cuál es la fecha de entrega de informes, si la subvención es o no compatible con otras, si es necesario realizar una auditoría, etc.

Tener claro cuáles y cómo son los gastos elegibles, elemento ya mencionado en el punto anterior pero que es de gran importancia, por lo que es necesario tener en cuenta:
- Que todos los gastos puedan asociarse sin lugar a dudas a actividades del proyecto.
- Los importes máximos de subcontratación que podemos realizar dentro del proyecto.
- La necesidad de contar con presupuestos alternativos al proveedor elegido, para gastos superiores a un importe X. La Ley de subvenciones fija unos topes, sin embargo la normativa de la subvención puede ser más restrictiva.
- Cómo se justifican los gastos de viaje: es decir si nos admiten un valor X por día de viaje (dietas), en cuyo caso documentando la realidad del viaje es suficiente, ó, es necesario elaborar una hoja de liquidación de gastos de viaje y adjuntarle todos los tiquetes de gasto.
- Si los gastos tienen límites máximos, los viajes suelen tener en casi todos los límites tanto del valor diario que varia si se duerme o no en destino, como del importe por kilometraje o el que el transporte se realice en la mayor parte de los gastos en turista. Existen también otros casos como el personal en el caso de las subvenciones del IRPF y Régimen General.
- La forma que deben tener los documentos de gasto. En general deben ajustarse a lo que diga la normativa en la materia, es decir la de IVA en el caso de los gastos facturables (en general: que identifique al proveedor y la organización – nombre. CIF, dirección-, que venga indicada la fecha, el tipo de servicio y el valor antes y después de impuestos), adicionalmente algunos financiadores suelen pedir que la factura identifique el proyecto, para lo cual debemos pedirle al proveedor que lo indique claramente en el concepto (mediante el código del mismo, por ejemplo).
- La documentación complementaria para los gastos de personal, esto es el contrato en el caso del laboral (que en el caso de ser por obra y servicio normalmente debe indicar que esta obra es el proyecto) y en el caso de los voluntarios acuerdo y póliza de seguros.
- Llevar una contabilidad separada (o analítica), cosa que algunos financiadores piden como requisito, sin embargo nosotros lo recomendamos como buena práctica, ya que permite tener mejor identificados los gastos de cada proyecto y facilita por tanto la justificación posterior.
- Tener claridad con los pagos: es decir que con independencia de la forma que se utilice para realizar los pagos pueda identificarse claramente que la organización es la que hace la transferencia monetaria al proveedor y que esto se corresponde con la factura X, para ello por ejemplo, si se paga con cheque que este sea nominativo.
- En el momento de entregar el informa ajustarse al formato del financiador, y entregar toda la documentación con el mayor orden posible utilizando para ello por ejemplo: etiquetas, números de orden, anexos para documentación complementaria (como los presupuestos por ejemplo).
- Finalmente tener en cuenta que con la entrega del informe no finaliza la justificación, ya que nos pueden pedir aclaraciones, bien vía requerimiento o con posterioridad si nuestro proyecto es objeto de auditoría por ejemplo del IGAE (Intervención General de la Administración del Estado), por ello la Ley de Subvenciones establece un periodo de cuatro años en el cual debemos conservar la documentación del proyecto.